Майкл Фассбендер родился 2 апреля 1977 года в Хайдельберге, Германия.

Мать актёра — ирландка, отец — немец. Согласно семейному древу Фассбендера, мать актёра — прапраплемянница ирландского революционера Майкла Коллинза. В 1979 году семья переехала в город Килларни, где отец Майкла открыл ресторан West End House и работал там шеф-поваром.

Успешно окончил театральную школу Drama Centre London.

Снялся в клипе группы The Cooper Temple Clause на песню Blind Pilots.

Первой ролью Фассбендера стала роль сержанта Бёртона Кристенсона в популярном минисериале «Братья по оружию».

Из последних заметных ролей — лейтенант Арчи Хикокс в «Бесславных ублюдках», Квинт Дий в «Центурионе», Бёрк в «Джоне Хекс», Магнето в «Людях Икс: Первый класс», психиатр Карл Юнг в «Опасном методе» и андроид Дэвид в «Прометее».

10 сентября 2011 года Майкл Фассбендер получил кубок Вольпи за лучшую мужскую роль за роль Брэндона в фильме «Стыд».

В 2014 году был впервые в карьере выдвинут на премию «Оскар» и удостоен многочисленных наград за злодейскую роль садистского рабовладельца в исторической драме «12 лет рабства».

С конца 2010 года по лето 2011 встречался с коллегой по фильму «Люди Икс: Первый Класс» Зои Кравиц, которая является дочерью Ленни Кравица. С июня 2012 года по январь 2013 встречался с американской актрисой Николь Бехари, которая объявила в Twitter об их расставании. Встречался до марта 2014 с румынской моделью и актрисой Мадалиной Генеа.