Хелена Бонэм Картер родилась в Голдерс-Грин (Барнет, Лондон). Её мать, Елена (урожденная Проппер де Кальехон), психотерапевт. Её отец, Рэймонд Бонэм Картер, был банкиром.

У Хелены есть два брата: Эдвард и Томас. Семья Картер имеет прочные и широкие связи в политике и шоу-бизнесе. Она правнучка премьер-министра Великобритании лорда Асквита и внучка баронессы Бонэм Картер. У Хелены есть двоюродный брат Криспин Бонэм-Картер (англ.), тоже актёр, наиболее известен как исполнитель роли мистера Бингли в мини-сериале BBC «Гордость и предубеждение». Хелена получила образование в Вестминстерской школе (англ.)русск..

Когда Бонэм Картер было пять лет, её мать получила нервный срыв, после которого она оправлялась три года. Впоследствии она стала психотерапевтом. Через пять лет после восстановления её матери, отец Хелены стал глухим на одно ухо. Была сделана операция по удалению опухоли, которая привела к инсульту, после этого он был прикован к инвалидной коляске. Хелена и её два брата ушли из колледжа, чтобы помогать матери справиться с этой ситуацией. Рэймонд умер в январе 2004 года.

В 1979 году она выиграла поэтический конкурс с поэмой «Виноградная лоза» (англ. Grapevine), деньги, полученные в качестве премии, Хелена потратила на съёмку портфолио для кастинг-каталога.