Актёрскую карьеру начала в 1994 году, снявшись в рекламных роликах. В том же году дебютировала в кино в эпизоде мыльной оперы «Дни нашей жизни». Однако её прорывом в карьере стала роль в фильме «В пролёте».

Также известна озвучиванием Мег Гриффин в мультипликационном сериале «Гриффины».

Одной из наиболее значимых ролей актрисы в кино является роль балерины Лили в фильме «Чёрный лебедь», за которую она была награждена премией «Сатурн» и номинировалась на «Золотой глобус» и Премию Гильдии киноактёров США за лучшую женскую роль второго плана.

Помимо кино, Кунис активно занимается и модельным бизнесом — её фотографии неоднократно появлялись на обложках многих журналов.

С 2012 года сотрудничает с домом моды Christian Dior.