Случилось так, что в 1546 году умер Антонио да Сангалло, поэтому, ввиду отсутствия руководителя строительством собора Св. Петра, у представителей этого строительства перед папой возникли разные предложения, кому бы его поручить. В конце концов Его Святейшество решил, по внушению, как мне кажется, самого Бога, послать за Микеланджело, и когда ему было предложено занять место Сангалло, он отказался, заявив, дабы избежать этой обузы, что архитектура, собственно, не его искусство. Наконец, так как уговоры не помогали, папа приказал ему согласиться. Тогда, к величайшему своему неудовольствию и против своей воли, пришлось ему взяться за это дело. И в один прекрасный день, когда он отправился в собор св. Петра, чтобы взглянуть на деревянную модель, которую сделал Сангалло, и осмотреть строительство, он встретил там всю сангалловскую свору, которая, подступив к нему, ничего лучшего не нашла, как заявить Микеланджело, что они, мол, радуются тому, что руководство строительством поручено ему и что модель это - луг, на котором всегда можно будет пастись. "Правду вы говорите", - ответил им Микеланджело, желая намекнуть (о чем он как-то признался одному из своих друзей), что он имеет в виду баранов и быков, ничего в искусстве не смыслящих...

Папа Павел издал наконец именной указ, в котором назначил его начальником строительства с неограниченными полномочиями, на основании которого он мог строить и разрушать уже построенное, расширять и сокращать и изменять по своему усмотрению все, что только заблагорассудится, и приказал, чтобы все управление строительством подчинялось его распоряжениям. Тогда, убедившись в таком доверии к нему и вере в него со стороны папы, Микеланджело, дабы показать свою добрую волю, пожелал, чтобы в указе было объявлено, что он служит на строительстве из любви к Богу и без какого-либо вознаграждения...


Над сооружением нового грандиозного собора Св. Петра, которым папское государство желало прославить свое могущество, работали поочередно знаменитейшие архитекторы того времени: Браманте, Рафаэль, Бальдассаре Перуцци, Антоньо Да Сангалло Младший, после смерти которого в 1546 г. руководство работами перешло к Микеланджело, и оставалось главным трудом до конца его жизни, наряду со строительством ансамбля Капитолия.

И хотя строительство было начато до него и окончено после его смерти, собор Св. Петра в Ватикане несет на себе печать великого гения Микеланджело: художник переделал план и построил большую часть собора, в конечном счете он стал ответственным за сооружение алтарной абсиды и за разработку инженерного и художественного решения купола собора.

План Донато Браманте 1505 г. предполагал сооружение центрического храма, до 1514 г. он успел возвести четыре гигантских столба и арки средокрестия, а также частично один из нефов. При его преемниках — Перуцци, Рафаэле, Сангалло, частично отошедших от плана Браманте, строительство почти не продвинулось, и был принят более традиционный базиликальный план Антонио да Сангалло. При всей неприязни к Браманте, Микеланджело ценил его дарование и считал, что отступление от центрально-купольного плана — это «отступление от истины». Микеланджело решил убрать сложные неоготические элементы плана Сангалло и вернуться к простому, строго организованному центрическому пространству, над которым доминировал огромный купол на четырех опорах, одновременно укрупнив все формы и членения, придав им пластическую мощь. Он добился большой слитности композиции и безусловного преобладания пространства средокрестия над остальными частями.

Микеланджело не удалось полностью воплотить этот замысел, он успел при жизни закончить восточную часть собора, успел построить заднюю и боковые стены собора с гигантскими коринфскими пилястрами с нишами и окнами между ними, и тамбур огромного купола. Завершение строительства Собора Св. Петра стало высшим достижением флорентийского мастера в области архитектуры.

Папе Павлу III, принимая должность, Микеланджело поставил два условия: во-первых, ему предоставлялись полномочия поступать во всем по собственному разумению, и, во-вторых, он отказывался от какого бы то ни было денежного вознаграждения, принимая возложенную на него обязанность исключительно ради спасения своей души.

Вполне вероятно, на решение остаток дней послужить Богу, повлияла Виттория Колонна, умершая через месяц после назначения Микеланджело на должность префекта и архитектора собора Св. Петра.